De ziekenhuisapotheker is verantwoordelijk voor de integrale farmaceutische zorg voor patiënten in een ziekenhuis. De ziekenhuisapotheker is opgeleid, gediplomeerd en bevoegd om geneesmiddelen te bereiden en te distribueren in het ziekenhuis. Na controle van de medicatievoorschrift van de arts bepaalt de ziekenhuisapotheker de dosis van medicatie voor de patiënt, op basis van diens gegevens. De ziekenhuisapotheker is ook betrokken bij medicatiebegeleiding van de patiënt, het ontwikkelen van richtlijnen en processen rondom veilig medicatiegebruik.
Op de afdeling nucleaire geneeskunde wordt er gebruik gemaakt van radioactieve stoffen voor diagnose en behandeling van de patiënt. De ziekenhuisapotheker is verantwoordelijk voor de inkoop, bereiding, kwaliteitscontrole en medicatiebewaking van de radiofarmaca.
De ziekenhuisapothekers hebben hun eigen wetenschappelijke vereniging: de Nederlandse Vereniging van Ziekenhuisapothekers.